Manchmal reicht eine Karies bis weit in die Wurzel aber die Wurzel ist lang und fest genug, dass sich dennoch eine Wurzelbehandlung rentiert. In diesen Fällen muss vor Beginn der Behandlung ein präendodontischer Aufbau erfolgen, um eine ständige Bakterienkontamination von der Mundhöhle her zu verhindern. Wenn der Füllungsrand ausreichend trocken zu legen ist, ist die dentinadhäsive (Kunststoff-) Füllung die beste Lösung dafür. Die Kontaminationskontrolle (ob der Füllungsrand trocken bleibt), gelingt am besten unter dem Dentalmikroskop. Unter dem Mikroskop kann eine solche Füllung auch durch eine Krone hindurch vom Inneren des Zahns her erfolgen.

Auch wenn bereits eine Wurzelspitzenresektion ohne Erfolg geblieben ist, kann ein Behandlungsversuch, die Wurzelfüllung zu erneuern noch zum Erfolg führen und das eventuell sogar, ohne erneut aufschneiden zu müssen. Die Betonung liegt hierbei natürlich auf "Behandlungsversuch". Ganz ähnlich wie bei Kindern, deren Wurzelwachstum noch nicht abgeschlossen ist, kann man zunächst das Loch in der Wurzel verschließen und, wenn der Verschluss ausgehärtet ist, in einem zweiten Arbeitsgang die restliche Wurzel. Auch dies gelingt am Besten unter Sichtkontrolle mit einem Mikroskop.

Wenn bei der Aufbereitung einer Wurzel das Instrument in eine falsche Richtung abgleitet und den Zahn abseits des Kanals perforiert (durchbohrt), spricht man von einer "via falsa"(falscher Weg). Wenn es gelingt, den Wurzelkanal dennoch zu füllen und darüber hinaus die Perforationsstelle zu verschließen, kann der Zahn evtl. erhalten werden. Wenn die Perforation am Kanaleingang liegt schafft man das oft mit einer Lupenbrille. Je tiefer die Stelle in der Wurzel liegt, um so eher gelingt dies nur mit dem Mikroskop.